dsh-sciwork · DSH 科研模式

给 DSH（DeepSeek Harness）装上一整套「做科研」的工作台：一个叫科研模式的 agent 预设，加上一个本机的实体科研库。

版本 0.1.0 · MIT · 作者 58catmiao · 仓库 https://github.com/58catmiao/dsh-sciwork

English: README.en.md

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这是什么

dsh-sciwork 不是一个"帮你查文献"的对话框，而是一套落在你硬盘上、可被别的工具打开的科研工作台。装上它，你会同时得到四样东西：

1. 一个 agent 预设「科研模式」——它把绘图、写作、文献、期刊规范四条线收进同一个工作流：先找证据，再动手；出图走 Origin 真机，稿子里引用的每一条文献都必须带 DOI 或 URL。
2. 一个本机实体科研库——一棵普通目录（课题 / 图表 / 数据 / 草稿 / 文献 / 期刊档案 / 投稿），配套一个 Python 引擎 research.py 和一个登记索引。
3. 12 份期刊投稿档案——Nature、Science、Cell、IEEE Trans、ACS、Elsevier 通用、MDPI、PLOS ONE、中文核心、CNKI 学位论文、GB/T 7714、通用学位论文，各自的数值要求、条款与出处摘要。
4. 一个「科研库」可视面板 + 一组技能——面板七个页签，只读为主、能筛能导入能归档；技能负责把"该怎么画、该怎么写、该怎么引"固化成纪律。

权威来源永远是文件系统。 索引只是缓存，面板的写入永远走库脚本，不直接改索引。所以科研库随时可以整目录打包带迁移，也可以直接用资源管理器、Git、别的编辑器去碰。

• 宿主半边是纯 Node ESM，零 npm 依赖。
• 客户端是手写的单文件 Web 客户端，没有构建步骤。
• 出图能力依赖上游开源插件 dsh-origin-plugin（MIT，作者 Fantasality）。本仓库不包含它，只带适配技能。详见〈与 dsh-origin-plugin 的关系〉。

安装

dsh plugin --profile <profile> add dsh-sciwork

插件市场里点安装，走的也是同一条路径。装完重启 Harness。

装完后你会多出：

• 一个 ID 为 research 的 agent 预设「科研模式」（可直接在会话里选）；
• 侧栏多一个面板入口「科研库」；
• 一条精确注册的只读路由 /api/research/call（面板靠它取快照与执行动作）；
• 五个技能进入技能目录。

前置：本机有 Node（宿主半边与自检脚本用它）与一个可用的 Python 3 解释器（科研库引擎 research.py 用它）。不要求 python 出现在 PATH 上——启动器会按「显式配置 → SCIWORK_PYTHON → 库自己的 venv → Origin 插件目录的 venv → PATH」逐个探测。出图另需 Origin，见下文。

快速开始

1. 建库

# 先预检：不写任何文件，只报告缺什么
node scripts/install.mjs --verify-only

# 预检通过后建库
node scripts/install.mjs

安装脚本会建出库根目录、.research/ 引擎与索引、journals/ 期刊档案、refs/ 文献库。库根默认是 <用户目录>/Research（Windows 即 %USERPROFILE%\Research），可用环境变量 SCIWORK_LIBRARY 改。

安装脚本的可用开关：

开关	说明
--verify-only	只检查，不写任何文件。
--library-root <dir>	指定库根，覆盖配置里的 libraryRoot。
--skip-library	不铺科研库骨架（只装插件半边）。
--force-skills	目标已存在且没有 SKILL.md 时也覆盖安装技能目录。

库根解析顺序：--library-root / 环境变量 SCIWORK_LIBRARY（旧名 RESEARCH_LIBRARY 兼容）→ 内核 library/config.json 的 libraryRoot → <用户目录>/Research。注意库内已有的 .research/config.json 里的 libraryRoot 也会覆盖环境变量——面板与引擎优先听库自己的配置。

2. 打开面板

在 DSH 侧栏点「科研库」。面板顶部一行写着当前库根路径与实时计数（课题 / 图 / 草稿 / 数据 / 文献 / 期刊档案 / 投稿 / 索引时间），下面是七个页签。

3. 让 agent 建课题

在会话里选「科研模式」预设，然后直接说：

建一个课题，叫 zt-ceremic，研究 ZrB₂-SiC 陶瓷的氧化行为。

agent 会走 research.py new-project 落目录，之后它画的每一张图、写的每一段结果，都会各自归位到该课题的 figures/、origin/、data/、drafts/ 下。你也可以在面板里点「新建课题」自己建。

4. 出图

面板自己不出图（2026-10-13 起移除）。要出图，直接跟 agent 说：

把 projects/zt-ceremic/data/ 里那组 XRD 数据画成对比图，按 MDPI 的排版要求。

agent 会走 Origin 真机绘图、核验、导出，并把图的溯源信息登记回库。

面板：七个页签各能做什么

侧栏「科研库」。页签七个（图表 / 草稿 / 文献 / 数据 / 期刊档案 / 投稿 / 归档），另有顶部的计数行与「命令台」弹层（两者都不是页签）：

页签	看什么	能做什么
计数行（面板顶部，不是页签）	库根路径、课题/图/草稿/数据/文献/期刊档案/投稿七项实时计数、索引时间、采集警告	点「刷新」重取快照；点「引导」走一遍带高亮的界面导览
图表	已登记的图，含每条图的登记溯源（数据源、脚本、生成时间）；按课题分组	看图、看 PDF 附带件、复制路径、重画、归档、删除
草稿	drafts/ 下的 Markdown 手稿	就地读；新建草稿；编辑保存；归档；删除
文献	refs/refs.json 里的条目与 refs/pdf/ 下的本地 PDF 附件	导入（必须带 DOI 或 URL 才登记，PDF 可选）、看 PDF、归档、删除
数据	data/ 下的数据文件（.txt/.csv/.dat 等）与按课题分组的分组头	预览行列、数据变换（6 个算子）、归档、删除
期刊档案	12 份档案的 id、严格度（high / medium / low）与更新日期	读条款与数值要求；筛选；归档
投稿	submissions/ 下的投稿记录（目标刊、状态、时间线）	读记录；筛选；归档
归档	.research/archive/<时间戳>/ 里的批次清单 + 真删记录	整批 / 单文件「恢复」搬回原位；真删记录只留名字
命令台（弹层，不是页签）	research.py 的子命令清单与参数表单	选命令 → 填参 → 执行 → 看 stdout / stderr / JSON 结果

数据变换的 6 个算子：normalize（归一化）、baseline（扣基线）、smooth（平滑）、peaks（找峰）、integrate（积分）、linear（线性变换）。每次变换都会在新表旁落一份溯源记录（.research/transforms/<课题>/<表名>.json），并把产物写进课题的 tables/。

面板的边界，一句话说清：能看、能筛、能导入、能归档、能删、能对表格做数据变换；不出图。所有写入都经库脚本落文件并登记，面板自身不碰登记索引。

配置

配置有两层，库内 <库根>/.research/config.json 是权威；环境变量用来告诉 DSH 去哪找库、用哪个 Python。

环境变量	默认值	说明
SCIWORK_LIBRARY	<用户目录>/Research	科研库根目录。改这里等于换库。
RESEARCH_LIBRARY	未设置	旧名，兼容保留；SCIWORK_LIBRARY 优先。
SCIWORK_PYTHON	依平台探测	跑 research.py 用的 Python 解释器。推荐显式指向 venv 里的 python。
SCIWORK_ORIGIN_PLUGIN	未设置	dsh-origin-plugin 所在目录，供适配技能定位它。

库内权威配置：

路径	说明
<库根>/.research/config.json	权威配置：库根、语言、期刊档案严格度偏好、索引设置等。
<库根>/.research/index.json	登记索引（只是缓存，可由 research.py reindex 从文件系统重建）。
<库根>/.research/archive/	归档区。面板上的「归档」是移动到此处，可恢复。
<库根>/.research/lock	库写锁，防止并发写入互相踩。

目录结构

<库根>/                          # 默认 <用户目录>/Research，可用 SCIWORK_LIBRARY 改
├── projects/
│   └── <课题>/
│       ├── figures/             # 成图（导出的 png / svg / pdf / tif）
│       ├── origin/              # Origin 工程文件（.opju），可在 Origin 里继续编辑
│       ├── data/                # 原始数据
│       ├── tables/              # 由数据变换派生的表
│       └── drafts/              # 该课题的手稿片段
├── refs/
│   ├── refs.json                # 文献条目（必须带 DOI 或 URL）
│   └── pdf/                     # 本地 PDF 附件（可选）
├── journals/                    # 期刊投稿档案
├── submissions/                  # 投稿记录与时间线
└── .research/                   # 引擎与元数据
    ├── research.py              # 库操作的唯一权威入口
    ├── config.json              # 权威配置
    ├── index.json               # 登记索引（缓存，可重建）
    ├── archive/                 # 归档区（可恢复）
    ├── transforms/<课题>/       # 数据变换的溯源记录
    └── lock                     # 写锁

登记（加文献、登记出图溯源、重建索引）永远由 research.py 做，面板不代劳。常用子命令：new-project、add-ref、register-figure、add-submission、reindex。

科研库的权威入口：research.py

库的一切结构化写入都由它完成（面板的「命令台」弹层就是它的可视化前端）。

读：

子命令	说明
status	库概况：课题数、文献数、已登记图数、期刊档案数。
search <关键词>	跨课题检索（课题 / 图 / 稿 / 数据 / 文献 / 期刊 / 投稿），可加 --kind、--project、--limit。
list-projects / list-figures / list-refs / list-submissions	分别列课题、已登记图、文献、投稿记录，各自支持筛选参数。
check-citations --draft <路径>	引用核查闸门：非零退出即代表稿子里有缺失或未核实的引用。加 --require-doi 要求每条都必须有 DOI。

写：

子命令	说明
init	建 / 修复库骨架（幂等）。
new-project <slug>	新建课题，可带 --title、--journal。
add-ref	文献入库。必须带 DOI 或 URL（引用零编造）；--verified-by 记录核实方式。
register-figure	登记一张图的溯源侧车：源数据、Origin 图页、所用期刊档案、图注。
add-submission / update-submission	登记一次投稿 / 推进投稿状态与事件时间线。
reindex / export-bib	重建库索引 / 重建 refs.bib。

不可逆：remove-ref 删掉一条文献登记（会先备份 refs.json）。

Windows 上库内附了一个 Python 包装器 .research/bin/py.cmd，它会按库配置挑解释器；agent 文档里给的调用示例走的就是它。想自己指定解释器，用环境变量 SCIWORK_PYTHON。

期刊档案一览

档案 id	是什么	严格度
nature	Nature 系列	high
science	Science 系列	medium
cell	Cell 系列	medium
ieee-trans	IEEE Transactions	medium
acs	ACS 系列	medium
elsevier-generic	Elsevier 通用	medium
mdpi	MDPI 系列	high
plos-one	PLOS ONE	high
chinese-core-journal	中文核心期刊	medium
cnki-thesis	CNKI 学位论文	low
gbt-7714	GB/T 7714 参考文献格式规范	low
thesis-generic	通用学位论文	medium

严格度影响默认排版与校验口径；每份档案里还有具体数值与出处摘要。回看哪份档案、怎么用，见技能 journal-profile。

技能

技能	管什么
research-studio	总入口。路由表 + 三条硬纪律 + 开工前 30 秒例行检查 + 交付前自检清单 + 如实报告（能证明什么、不能证明什么）。
origin-plot	Origin 绘图纪律。数据进 Origin、四条画图路径、改图前先看现状、两个核验步骤都要做、导出交付与登记、绝不抢占用户正在使用的 Origin 会话，以及一份实测坑清单。内含 74 个 origin_* MCP 工具的用法。
paper-writing	动笔前的证据纪律、图注、Results、Discussion 结构与框架、中→英与润色、回复审稿意见（Response Letter）、交稿前自检。
literature-refs	四条硬规则、入库、检索（先有证据再入库）、稿子里怎么引用、列出与导出、与写作技能配合、常见坑。
journal-profile	期刊档案怎么读、怎么用。档案字段、给绘图/写作供参数、选刊（用户问"投哪本"）、新建或更新档案、与库脚本配合、冲突与变更。

技能是纪律文本，不是代码：它们约束 agent 的行为，不额外引入依赖。

与 dsh-origin-plugin 的关系

• 出图能力来自 dsh-origin-plugin（MIT，作者 Fantasality），它提供 74 个 origin_* MCP 工具，负责与本机 Origin 通信。
• 本仓库不包含 dsh-origin-plugin，也不复制它的代码；dsh-sciwork 只带一份适配技能 skills/origin-plot，教 agent 按科研交付的要求去用那 74 个工具。
• skills/origin-plot/references/origin-tools.json 是派生文件：由 dsh-origin-plugin 的工具清单生成，用于离线查表（工具名 / 参数 / 用途）。
• 两者可以独立安装。不装 Origin 与 dsh-origin-plugin，dsh-sciwork 的建库、面板、写作、文献、期刊档案部分照常可用，只是「出图」这一步走不通。
• 环境变量 SCIWORK_ORIGIN_PLUGIN 用来告诉适配技能：dsh-origin-plugin 装在哪。

自检

仓库自带三个自检脚本与一个补丁预检，都不写你的正式库（写动作在隔离副本里跑，并有一道硬闸门）。前三个只要 Node；补丁预检是 Python 写的，需要一个非标准库的依赖 PyYAML：

node scripts/selftest-host.mjs      # 宿主半边：路由注册、路径守卫、快照形状
node scripts/selftest-actions.mjs   # 22 个动作：读/守卫检查 + 隔离副本里的写动作
node scripts/selftest-client.mjs    # 客户端：七个页签的渲染、弹层、按钮与请求形状
python -m pip install pyyaml        # 只给下一步用（CI 里有独立的 Install PyYAML 步骤）
python scripts/validate-patch.py    # cordis.patch.yml 预检：预设行数、persona、插入行

自检分两种跑法，新克隆的仓库不配库也能跑：

A. 不指向任何科研库（CI / 刚克隆的机器）

node scripts/selftest-host.mjs      # 全部通过，退出码 0
node scripts/selftest-actions.mjs   # 63 通过 · 0 失败 · 2 跳过
node scripts/selftest-client.mjs    # 21 通过 · 0 失败 · 其余内容类检查未运行
python scripts/validate-patch.py    # ✓ 补丁预检通过

此时所有内容类检查（依赖库里真有草稿 / 图 / 数据表的部分）自动记为 SKIP 或「未运行」，脚本会打印一行说明（未运行：内容类检查需要一个可用的科研库（当前库根 …））并以退出码 0 结束——不配库不算失败。

B. 指向一个真库（本机实测基线）

SCIWORK_LIBRARY=/path/to/Research node scripts/selftest-actions.mjs   # 120 通过 · 0 失败 · 3 跳过
SCIWORK_LIBRARY=/path/to/Research node scripts/selftest-client.mjs    # 151 通过 · 0 失败

• selftest-host.mjs —— 只统计通过/失败，退出码 0。唯一可能被记为「跳过」的是「图文件还在」这类依赖真实库里确实有图的检查（没有图时不判失败）。
• selftest-client.mjs —— 汇总行只有通过/失败两项；B 模式下实测 151 通过 · 0 失败，退出码 0。
• validate-patch.py —— 输出 ✓ 补丁预检通过，退出码 0。它会报预设 preset-research 的顶层行数（19 条，递归后叶子 29 条，其中 2 条按 !!js 条件禁用）、嵌套组（planning / compaction / delegation）、persona 长度，以及确认插入的 research-library 行属于宿主插件而非 agent 预设。
• selftest-actions.mjs —— 写动作段要求库根指向脚本自己新建的隔离副本（用 SCIWORK_LIBRARY 指过去即可）。若它发现 snapshot 指向的不是那个副本，会打印 FAIL 隔离闸门：snapshot 指向副本 并以退出码 2 结束，同时一个字节都不写。这是设计行为，不是插件缺陷：写动作永远在副本里跑，绝不碰你的正式库。

文档地图

文件	内容
README.md / README.en.md	这是什么、装什么、怎么用
docs/INSTALL.md	安装与首次建库（含排错）
docs/ARCHITECTURE.md	工程结构与契约：宿主动作、HTTP 端点、面板边界、路径解析、自检口径
docs/RELEASE.md	维护者手册：发版、上架插件市场、截图、干净机器验证
CHANGELOG.md	版本变更
THIRD_PARTY_NOTICES.md	第三方组件与致谢

许可证与致谢

License: MIT，版权归 58catmiao。许可证原文见 LICENSE。

Credits / 致谢

• Origin 绘图能力来自 dsh-origin-plugin（MIT，作者 Fantasality）。本仓库不包含它；skills/origin-plot/references/origin-tools.json 派生自它的工具清单，用于离线查表。感谢作者把这套本机 Origin 自动化开源出来。
• DSH（DeepSeek Harness） 提供了插件机制、agent 预设与工具路由，本插件是其上的扩展。
• 期刊档案是本项目自己整理的数值、条款与出处摘要，不是期刊官方文件。

关于内容版权

本仓库不包含任何受版权保护的论文原文或期刊 PDF。

• journals/ 下的 12 份期刊档案，内容是投稿要求的数值、条款与出处摘要（例如字数上限、图表要求、参考文献格式），每条尽量标注出处；遇到具体条款请以期刊官网的最新作者指南为准。
• refs/ 里登记的是你自己的文献元数据（标题、DOI、URL 等）与你自己放进 refs/pdf/ 的附件，仓库不预置任何文献全文。
• 期刊档案是辅助，不构成法律或投稿建议；因以档案替代官方指南而产生的后果，由使用者自负。

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